Если Jira замучила вас ошибка internal server error when rendering, internal server error when requesting resource и прочими permission denied, то причин тому может быть несколько.
Первая и основная – какой-нибудь кривой плагин. К сожалению, тут универсальных рекомендаций дать нельзя – смотрите логи, отключайте по одному, ищите в общем. Но возможна и другая причина – нехватка памяти. Jira работает на Java – а такие приложения известны своей прожорливостью до памяти. Поскольку в моем случае Jira установлена на виртуальном сервере, то есть возможность поиграться с выделением ресурсов. Получись вот такие графики. Левый график показывает ситуацию, когда серверу Jira выделено всего полгигабайта оперативной памяти. Приложение сжирало его полностью и повисало. Правый же график иллюстрирует ситуацию, когда Jira выделили целых два гига оперативки. Сожрав положенные пол гига, она запускала сборщик мусора, который вычищал из памяти ненужное. Объем используемой оперативки не превышал 1 Гб, а зависания и падения прекратились. Таким образом можно утверждать, что выделение серверу с Jira двух гигов оперативной памяти позволяет держать объем полезных данных порядка полу гигабайта без зависаний.